Recours aux analyses fondées sur l'ADN pour assurer la qualité des grains

Détection de multiples événements GM dans le soja

Le nombre de nouveaux événements GM dans le soja et le canola n’a cessé d’augmenter depuis le milieu des années 1990, et nous disposons actuellement de méthodes validées pour détecter et quantifier 18 différents événements GM dans le soja (tableau 1). Ces méthodes sont fondées sur la réaction en chaîne de la polymérase (PCR) et elles ont une limite de détection et une limite de quantification de 0,05 %.

La détection par PCR de chaque événement GM dans un même échantillon de soja peut prendre beaucoup de temps, mais grâce à nos méthodes, nous pouvons détecter de nombreux événements GM en même temps. Nous distribuons les concentrations d’amorces et de sondes nécessaires dans des plaques à 96 puits et les congelons. Après l’ajout de l’échantillon d’ADN et des autres ingrédients nécessaires aux essais, nous analysons l’échantillon d’ADN pour les 18 événements GM à l’aide de quatre essais PCR pour chaque événement. Une fois les événements GM positifs identifiés dans l’échantillon, nous déterminons leur quantité au moyen d’un essai par PCR quantitative en temps réel. Notre laboratoire utilise le système de PCR en temps réel QuantStudio^TM 7 Pro pour détecter et quantifier des événements GM dans les échantillons de grain (figure 1). Cet équipement a amélioré notre capacité d’effectuer des essais par PCR et remplace le système 7500 Applied Biosystems^TM utilisé dans notre laboratoire de 2004 à 2023.

Pureté de la variété CDC Copeland

La variété est une considération importante lorsque l’orge est sélectionnée à des fins de maltage, et la plupart des acheteurs exigent une pureté variétale minimale de 95 %. Récemment, la pureté de la variété CDC est devenue une grande préoccupation lors de la découverte d’un pourcentage relativement élevé d’un profil ADN non désigné dans des échantillons de la saison de culture 2022. Nous avons collaboré avec le programme Microbiologie et génomique des grains du Laboratoire de recherches sur les grains, l’Agence canadienne d’inspection des aliments, des sélectionneurs et des partenaires de l’industrie pour procéder à l’analyse d’échantillons d’orge CDC Copeland afin de détecter ce profil d’ADN non désigné. Il a ensuite été confirmé que les semences de l’obtenteur initial de CDC Copeland contenaient de faibles quantités du profil d’ADN non désigné et que la présence de ce profil n’était pas un événement de contamination. Une étude menée par le programme Mouture et maltage – Recherche sur l’orge et d’autres grains du Laboratoire de recherches sur les grains a conclu que les caractéristiques des grains et les caractéristiques de maltage n’étaient pas différentes dans les échantillons d’orge CDC Copeland qui présentaient des quantités élevées du profil d’ADN non désigné. Nous avons également collaboré avec le programme Mouture et maltage – Recherche sur l’orge et d’autres grains pour l’analyse de certains échantillons de cargaisons et d’échantillons de récolte.

Technologie utilisée pour la surveillance de l’identification variétale

Pour nous assurer que toutes les variétés sont représentées dans notre base de données, il faut que les sélectionneurs collaborent et fournissent des échantillons de nouvelles semences d’orge et de blé.

Pendant de nombreuses années, nous avons évalué la pureté variétale des échantillons d’orge au moyen d’un système Li-Cor, qui repose sur l’utilisation de marqueurs d’ADN appelés microsatellites. Même si cette méthode est précise, elle n’est pas efficace, car seulement un nombre limité d’échantillons peuvent être analysés à la fois. Le système Takara SmartChip, qui a été validé par le programme Microbiologie et génomique des grains du Laboratoire de recherches sur les grains, est maintenant utilisé, car il offre une grande capacité d’identification des variétés d’orge canadienne à l’aide de 24 marqueurs d’ADN.

Pour analyser des échantillons de cargaisons de blé, nous utilisons la technologie de génotypage OpenArray^TM et notre base de données qui contient les profils d’ADN de nombreuses variétés de blé. La base de données est mise à jour à mesure que de nouvelles variétés apparaissent.

Activités de surveillance récentes

Du 1er août 2022 au 31 juillet 2023, nous avons analysé la composition variétale des échantillons suivants :

• 612 échantillons de cargaisons de blé, dont 178 échantillons ont fait l’objet d’une analyse plus approfondie;
• 200 échantillons de cargaisons de blé dur;
• 36 échantillons de cargaisons regroupés (anciennement appelés échantillons composites de cargaisons prélevés mensuellement);
• 60 échantillons de blé des essais coopératifs;
• 68 échantillons de blé du Programme d’échantillons de récolte;
• 23 échantillons de cargaisons d’orge qui nous ont été soumis.

De plus, 76 échantillons de cargaisons de blé ont été analysés pour détecter la présence de l’événement GM MON71200. Depuis le début des essais de dépistage mis en place en 2018, cet événement GM n’a pas été détecté, mais les exportateurs de blé peuvent demander des essais moyennant des frais de service.